男性勃起疼痛主要与外伤及生理疾病有关，
1、外伤虽然阴茎位置隐蔽，而且平时体积也比较小，但还是有外伤的可能。通常是骑在硬物上，撞到阴茎上。阴茎表皮损伤主要是由于虫咬伤引起的。很少男性会因为性生活过于激烈或突然改变方向而导致阴茎折断。
2、疱疹病毒感染有些病毒侵犯阴茎后，常引起疼痛，常见的是生殖器疱疹。在感染后，阴茎会有灼烧、瘙痒、疼痛等现象。
3、前列腺炎前列腺的炎症常导致阴茎疼痛。
4、非淋病性尿道炎非淋病性尿道炎是由解脲原体、沙眼衣原体及毛滴虫等引起的尿道感染，主要通过性行为传播。病人除发现尿道有脓性分泌物外，还有小便时疼痛，阴茎周围有灼热、疼痛、发痒等。
5、勃起异常有时勃起还会导致阴茎疼痛。当阴茎勃起的动脉中有血块时，血液无法从阴茎流出，使阴茎勃起的时间大大超过正常，形成剧烈的疼痛。
6、阴茎弯曲症，是由于阴茎内形成疤痕组织而导致的一种渐进性疾病。病态组织在阴茎上形成斑块。阴茎勃起时，斑块使阴茎弯曲并疼痛。有时候斑块会自行消失，有时必须通过手术进行修正。阴茎疼痛不是正常的生理表现，很可能是疾病在作怪，有些疾病还会传染，可能是通过性生活传染给爱人，所以建议男性有阴茎勃起疼痛的时候要及时地去医院检查，治疗的关键是正确的治疗。
